Modul Programová struktura slouží pro metodiky k definici položek programové struktury včetně nastavení jejich úrovní. Uživatel provede založení základní úrovně tlačítkem Přidat programovou strukturu 1. úrovně 
. Aplikace zobrazí detail prvku programové struktury, ve kterém je nutné vyplnit kód a název položky programové struktury. Po úspěšném založení základní úrovně, je v přehledu v řádku nové položky dostupné tlačítko
. Tlačítkem aplikace zobrazí stejný detail prvku programové struktury, avšak vytvoří si vazbu na nadřazený prvek. Takto lze v programové struktuře položky zanořovat. Při Jejich odstranění se musí postupovat opačně od nejnižší úrovně k nejvyšší.
Na přehledu jsou zobrazovány sloupce:
•Kód - kód položky programové struktury.
•Název - název položky programové struktur, kliknutím na odkaz se zobrazí detail položky programové struktury.
•Typ - hodnota je stanovena úrovní položky programové struktury. Nejvyšší úroveň nabývá hodnotou "Program", druhá úroveň hodnotou "Podprogram/Oblast" a třetí úroveň zanoření hodnotou "Podoblast".
•Platnost od - aktuálně nastavený termín OD pro platnosti položky programové struktury. Podle platnosti se bude položka nabízet pro zakládání a editaci hlavních výzev.
•Platnost do - aktuálně nastavený termín DO platnosti položky programové struktury.
•Přidání položky - sloupec je naplněn tlačítkem pro přidání dílčí položky, která bude typu "Podprogram/Oblast" nebo "Podoblast" podle zvolené úrovně.
Hodnoty ve sloupci "Název" jsou prezentovány formou odkazu pro otevření detailu položky programové struktury.